Organem założycielskim Specjalnego Ośrodka Szkolno-Wychowawczego Nr 9 jest Rada m. st. Warszawy. Organem prowadzącym jest m. st. Warszawa. Wykonywaniem zadań organu prowadzącego względem Specjalnego Ośrodka Szkolno-Wychowawczego Nr 9 zajmuje się Biuro Edukacji Urzędu m. st. Warszawy, ul. Górskiego 7
Organem sprawującym nadzór pedagogiczny jest Mazowiecki Kurator Oświaty Warszawa Aleje Jerozolimskie 32